新疆醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院前身為新疆醫(yī)學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部，成立于1984年，1998年新疆醫(yī)學(xué)院和新疆中醫(yī)學(xué)院合并成立新疆醫(yī)科大學(xué)后，于1999年11月更名為新疆醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院。歷經(jīng)幾十年的建設(shè)，為大學(xué)培養(yǎng)各級各類醫(yī)學(xué)專門人才做出了突出的貢獻(xiàn)。2016年基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)學(xué)科獲自治區(qū)“十三五”重點學(xué)科。病原生物學(xué)學(xué)科獲自治區(qū)二級重點學(xué)科。學(xué)院擁有1個國家級基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)實驗教學(xué)示范中心、2個省部共建重點實驗室、2個自治區(qū)重點實驗室等；現(xiàn)有國家“QR”青年項目入選者2名，國家教學(xué)名師1名，自治區(qū)教學(xué)名師6名。
學(xué)院于2018年獲基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點，并有基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)（病理與病理生理學(xué)、病原生物學(xué)、免疫學(xué)、人體解剖學(xué)與組織胚胎學(xué)、法醫(yī)學(xué)5個二級學(xué)科碩士點）和生物學(xué)（生理學(xué)、生物化學(xué)與分子生物學(xué)和遺傳學(xué)3個二級學(xué)科碩士點）兩個一級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點。設(shè)置有病理學(xué)、病理生理學(xué)、人體解剖學(xué)、組織胚胎學(xué)、微生物學(xué)、寄生蟲學(xué)、生物化學(xué)與分子生物學(xué)、生理學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)、免疫學(xué)、法醫(yī)學(xué)等11個教研室和形態(tài)、機能兩個基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)實驗教學(xué)中心。學(xué)院現(xiàn)有專任教師127名（截至2018年6月），其中副教授以上教師80人（62.99%），45歲以下青年教師98人（77.17%），具有碩士及以上學(xué)位教師115人（90.55%）。
學(xué)院擁有教育部第二期來華留學(xué)英文授課品牌課程1門，自治區(qū)精品課程4門，校級精品資源共享課程5門，校級精品視頻公開課5門。學(xué)院教學(xué)實驗室總面積10300平方米，儀器設(shè)備4610臺（套），教學(xué)設(shè)備總值6184.6萬元。
   近五年，學(xué)院承擔(dān)國家及省部級科研項目196項，總經(jīng)費達(dá)5716.76萬元。共發(fā)表各類科研論文600余篇，其中SCI 收錄215篇。獲得專利5項，自治區(qū)科技成果獎18項。學(xué)院與北京大學(xué)、吉林大學(xué)、中南大學(xué)等對口援疆高校建立了密切的合作關(guān)系，并聯(lián)合培養(yǎng)青年教師和博士研究生。
學(xué)院承擔(dān)學(xué)校本科24個專業(yè)33門醫(yī)學(xué)專業(yè)基礎(chǔ)課程和2門專業(yè)選修課，還承擔(dān)國際教育學(xué)院、繼續(xù)教育學(xué)院和臨床醫(yī)學(xué)院的教學(xué)工作，是我校醫(yī)學(xué)教育教學(xué)計劃實施的重要執(zhí)行單位。