馬克思主義學院，前身系1998年新疆醫(yī)學院與新疆中醫(yī)學院兩校合并成立新疆醫(yī)科大學時設立的人文社會科學部。2017年4月25日成立馬克思主義學院，是直屬學校領導的獨立二級機構(gòu)。
馬克思主義學院是學校意識形態(tài)工作的最前沿陣地，肩負著傳承發(fā)展馬克思主義、引領社會主義人才培育，貫徹黨中央治疆方略，培養(yǎng)政治合格的醫(yī)療衛(wèi)生事業(yè)人才的重要使命。統(tǒng)一開設全校思想政治理論課，統(tǒng)一管理思想政治理論課教師，統(tǒng)一負責馬克思主義理論學科建設。是學校本科教學的重要環(huán)節(jié)。
學院現(xiàn)有教職員工43人，專職教師39人，師生比為1:252。下設學院辦公室、教科辦和5個教研室：“毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論”教研室、“思想道德修養(yǎng)與法律基礎”教研室、“馬克思主義基本原理概論”教研室、“中國近現(xiàn)代史綱要”教研室和形勢與政策課教研室。學院擁有1個校級研究平臺：“新疆醫(yī)科大學醫(yī)學人文研究所”，1個校級對口協(xié)作研究中心：2017年成立的“吉林大學——新疆醫(yī)科大學一帶一路民心相通智庫”。
學院現(xiàn)有一個二級學科碩士學位授權點（思想政治教育專業(yè)）；一個自治區(qū)級思政課重點建設課程《毛澤東思想與中國特色社會主義理論體系概論》，一個校級重點學科“毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論”。馬克思主義理論學科已經(jīng)被學校確立為重點扶持學科。