本學(xué)科源于1981年成立的南京農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)業(yè)環(huán)保研究室，是我國農(nóng)林類高校中最早設(shè)立的環(huán)境類學(xué)科之一，1993年設(shè)立環(huán)境工程（農(nóng)業(yè)環(huán)境保護(hù)）碩士點(diǎn)，2000年設(shè)立環(huán)境科學(xué)碩士點(diǎn)，2006年設(shè)立環(huán)境科學(xué)與工程一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)，并經(jīng)國務(wù)院學(xué)位委員會(huì)批準(zhǔn)自主設(shè)置環(huán)境污染控制工程博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)。2013年在江蘇省碩士學(xué)位授權(quán)一級(jí)學(xué)位授權(quán)點(diǎn)評(píng)估中獲得“優(yōu)秀”。
?固體廢物處理與資源化
主要研究城鎮(zhèn)和工業(yè)污泥以及畜禽糞污、餐廚垃圾等有機(jī)固體廢物的微生物處理與資源化技術(shù)，為有機(jī)廢棄物的高效安全利用提供理論基礎(chǔ)與技術(shù)支撐。
?水和廢水處理
研究高鹽、有毒難降解工業(yè)廢水和高COD、高SS、高氨氮廢水的微生物處理技術(shù)，含重金屬的酸性礦山廢水、含砷地下水的處理技術(shù)，微污染水的人工濕地等生態(tài)修復(fù)技術(shù)以及自來水消毒附產(chǎn)物的消減技術(shù)等。
?農(nóng)田和場地土壤污染控制與修復(fù)
研究有毒有機(jī)污染物和有毒重金屬在土壤中轉(zhuǎn)化、植物吸收與調(diào)控規(guī)律以及場地修復(fù)技術(shù)，保障農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)地、產(chǎn)品質(zhì)量及城市用地安全。
?環(huán)境評(píng)級(jí)規(guī)劃與管理
重點(diǎn)開展環(huán)境規(guī)劃、生態(tài)功能區(qū)劃、環(huán)境評(píng)估、環(huán)境監(jiān)測(cè)與評(píng)價(jià)的基本原理與方法和有機(jī)農(nóng)業(yè)認(rèn)證、管理與建設(shè)等研究。