在數(shù)十年歷史中，湯用彤、宗白華、方東美、唐君毅、牟宗三、殷海光、熊偉、潘菽、孫叔平、孫伯鍨等一批哲學(xué)大師和著名學(xué)者曾先后在本系任教。本系教師胡福明在1978年撰寫的《實(shí)踐是檢驗(yàn)真理的唯一標(biāo) 準(zhǔn)》一文在當(dāng)時(shí)的思想解放運(yùn)動(dòng)中產(chǎn)生了歷史性重大影響，并直接成為改革開(kāi)放的理論先聲。在數(shù)代學(xué)者的努力下，本系形成了既注重學(xué)科基礎(chǔ)研究、又關(guān)注現(xiàn)實(shí)社會(huì)生活的優(yōu)良傳統(tǒng)，迄今已發(fā)展成為人才培養(yǎng)層次完備，師資力量雄厚，學(xué)科比較齊全，研究成就顯著，在國(guó)內(nèi)外有重要影響的哲學(xué)教學(xué)與研究基地。在近五年的哲學(xué)學(xué)科排名中，南京大學(xué)哲學(xué)系一直穩(wěn)居全國(guó)前三名。

本系是我國(guó)首批獲得博士學(xué)位授予權(quán)的哲學(xué)系之一。2002年成為哲學(xué)一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)單位，下設(shè)馬克思主義哲學(xué)、中國(guó)哲學(xué)、外國(guó)哲學(xué)、邏輯學(xué)、倫理學(xué)、宗教學(xué)、科學(xué)技術(shù)哲學(xué)、東方哲學(xué)與宗教學(xué)等八個(gè)博士點(diǎn)和馬克思主義哲學(xué)、中國(guó)哲學(xué)、外國(guó)哲學(xué)、邏輯學(xué)、倫理學(xué)、宗教學(xué)、科學(xué)技術(shù)哲學(xué)七個(gè)碩士點(diǎn)，并設(shè)立涵蓋上列所有學(xué)科的哲學(xué)博士后流動(dòng)站。其中馬克思主義哲學(xué)專業(yè)為全國(guó)重點(diǎn)學(xué)科，宗教學(xué)專業(yè)為江蘇省重點(diǎn)學(xué)科。2008年哲學(xué)一級(jí)學(xué)科入選江蘇省一級(jí)重點(diǎn)學(xué)科。本系教師還主持南京大學(xué)馬克思主義理論一級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)的建設(shè)工作。各學(xué)科層次亦均可接受訪問(wèn)學(xué)者、進(jìn)修教師和海外留學(xué)生。

改革開(kāi)放以來(lái)，本系在教學(xué)、研究和學(xué)科建設(shè)上取得了豐碩成果，其中既有在國(guó)內(nèi)外處于領(lǐng)先地位或先進(jìn)水平的基礎(chǔ)理論成果，也有直接服務(wù)于經(jīng)濟(jì)社會(huì)文化發(fā)展的應(yīng)用型成果。許多成果在國(guó)內(nèi)外產(chǎn)生了廣泛影響?，F(xiàn)擁有一批學(xué)術(shù)造詣深厚，教學(xué)經(jīng)驗(yàn)豐富，在海內(nèi)外學(xué)術(shù)界有一定聲望的老中青學(xué)者，已形成年齡與專業(yè)結(jié)構(gòu)合理的學(xué)術(shù)梯隊(duì)。

2000年以來(lái)，本系通過(guò)學(xué)科間優(yōu)化組合、通力合作，承擔(dān)了南京大學(xué)“創(chuàng)建世界高水平大學(xué)985工程”一期學(xué)科重點(diǎn)項(xiàng)目“哲學(xué)與當(dāng)代中國(guó)的發(fā)展”、“儒釋道與宗教學(xué)綜合研究”和“現(xiàn)代西方哲學(xué)思潮研究”以及多項(xiàng)教學(xué)研究項(xiàng)目，研究條件有了較大改善，研究成果和學(xué)科建設(shè)取得了一系列重大進(jìn)展。在985工程二期建設(shè)中，本系主持的“當(dāng)代資本主義研究中心”和“宗教與文化研究中心”入選國(guó)家哲學(xué)社會(huì)科學(xué)創(chuàng)新基地，“馬克思主義社會(huì)理論研究中心”入選教育部人文社會(huì)科學(xué)重點(diǎn)研究基地，帶動(dòng)了學(xué)科建設(shè)的整體發(fā)展。此外，本系還主持南京大學(xué)馬克思主義研究院、中國(guó)文化研究院、中國(guó)哲學(xué)與宗教文化研究所、儒學(xué)與基督教比較研究中心、猶太文化研究所、旭日佛學(xué)研究中心、現(xiàn)代邏輯與邏輯應(yīng)用研究所、科學(xué)技術(shù)與社會(huì)研究所、東方道德研究中心等科研機(jī)構(gòu)的工作。

本系致力于加強(qiáng)對(duì)外交流與合作，聘請(qǐng)了多位國(guó)際著名哲學(xué)家為兼職教授，與國(guó)外及港澳臺(tái)多所大學(xué)和研究機(jī)構(gòu)建立了穩(wěn)定的合作與交流關(guān)系，舉辦了多次有重要影響的國(guó)際或兩岸學(xué)術(shù)會(huì)議。每年均邀請(qǐng)數(shù)十位海外知名學(xué)者來(lái)系訪問(wèn)講學(xué)，并有數(shù)十人到國(guó)外或港澳臺(tái)地區(qū)訪問(wèn)講學(xué)或參加學(xué)術(shù)會(huì)議，取得了良好成效。

本系具有良好的教學(xué)、研究條件。系圖書(shū)資料室藏書(shū)30萬(wàn)冊(cè)（其中有《四部叢刊》、《中華大藏經(jīng)》、《道藏》、《古今圖書(shū)集成》等重要典籍），中外文期刊200余種，并和一些國(guó)家和地區(qū)的大學(xué)建立了緊密的資料交流。另設(shè)有現(xiàn)代化多媒體機(jī)房，可供師生直接在互聯(lián)網(wǎng)上檢索與閱讀學(xué)術(shù)資料，并提供多媒體教學(xué)服務(wù)。

本系是南京大學(xué)文科基礎(chǔ)人才培育基地之一，十分注重學(xué)生的全面素質(zhì)和創(chuàng)新能力的培養(yǎng)，著眼于培育基礎(chǔ)扎實(shí)、知識(shí)面寬、適應(yīng)性強(qiáng)的復(fù)合型人才，實(shí)行課堂教學(xué)、學(xué)術(shù)活動(dòng)、社會(huì)實(shí)踐相結(jié)合的“三元”教學(xué)模式，全面提高學(xué)生的綜合素質(zhì)。在本科生培養(yǎng)方面，近年來(lái)進(jìn)行了以夯實(shí)理論基礎(chǔ)、拓寬知識(shí)面、加強(qiáng)邏輯思維訓(xùn)練、培養(yǎng)閱讀能力、提高論辯素養(yǎng)、強(qiáng)調(diào)經(jīng)世致用、革新教學(xué)手段、加強(qiáng)教材建設(shè)為指導(dǎo)思想的教學(xué)改革。在研究生培養(yǎng)方面，各專業(yè)均以“建設(shè)一流學(xué)科、培養(yǎng)一流人才”為宗旨，注重培養(yǎng)研究生的理論思維素養(yǎng)、探索創(chuàng)新能力和綜合素質(zhì)培育。在嚴(yán)格管理的前提下，鼓勵(lì)研究生參予各種學(xué)術(shù)活動(dòng)，以本系研究生為主體的“博士論壇”在校內(nèi)外有著廣泛影響。除學(xué)校設(shè)立的獎(jiǎng)學(xué)金外，本系還通過(guò)對(duì)外合作，設(shè)立了周恩來(lái)獎(jiǎng)、金箔獎(jiǎng)、華藏獎(jiǎng)、道教獎(jiǎng)、殷海光邏輯獎(jiǎng)等一系列專項(xiàng)獎(jiǎng)學(xué)金。多年來(lái)，該系培養(yǎng)了一大批哲學(xué)及相關(guān)學(xué)科教學(xué)科研高級(jí)專門人才和管理決策人才。各層次畢業(yè)生均以其較強(qiáng)的思想理論素養(yǎng)和實(shí)際工作能力、高度的社會(huì)責(zé)任感和健全的心理素質(zhì)而享有良好的聲譽(yù)。

本系首任系主任由著名的“學(xué)衡派”領(lǐng)袖、時(shí)任副校長(zhǎng)的劉伯明教授兼任，此后，湯用彤、宗白華、方東美、唐君毅、牟宗三、熊偉、孫叔平、夏基松、林德宏、張一兵教授曾先后任系主任，現(xiàn)任系主任為宗教學(xué)與中國(guó)哲學(xué)專家徐小躍教授。